办理工控一体机的CE认证涉及两个重要证书，即CE-LVD证书和CE-EMC证书。以下是它们之间的区别和办理流程的概述：

1. CE-LVD证书（低电压指令证书）：

   - CE-LVD证书是基于欧洲低电压指令（Low Voltage Directive）的要求进行的认证。

   - 该证书主要评估产品的安全性，包括对电气、机械和化学方面的风险的评估。

   - CE-LVD证书涵盖了产品的设计、制造和使用阶段，并确保其符合相关的安全标准和技术规范。

2. CE-EMC证书（电磁兼容指令证书）：

   - CE-EMC证书是基于欧洲电磁兼容指令（Electromagnetic Compatibility Directive）的要求进行的认证。

   - 该证书主要评估产品在电磁环境中的性能和抗干扰能力。

   - CE-EMC证书涵盖了产品对辐射发射、辐射抗扰度、传导发射和传导抗扰度等方面的测试和评估。

办理CE认证的一般流程如下：

1. 确定适用的指令：根据工控一体机的特性和市场要求，确定适用的指令（如低电压指令、电磁兼容指令等）。

2. 验证产品符合标准：对工控一体机进行相关的测试和评估，确保其符合适用的标准和技术规范。

3. 编制技术文件：准备技术文件，包括产品规格、设计文件、测试报告等，以证明产品符合相关的要求。

4. 制造符合要求的产品：根据技术文件和认证要求，制造符合要求的工控一体机产品。

5. 申请认证：选择认可的认证机构，提交申请并提供所需的技术文件和样品。

6. 进行评估和测试：由认证机构对工控一体机进行评估和测试，验证产品的符合性。

7. 发布证书：经过认证机构的确认，颁发CE-LVD证书和CE-EMC证书。

8. 标贴和文件管理：在产品上标贴CE标志，管理好相关的技术文件和证书。

需要注意的是，CE认证的具体流程和要求可能因国家和认证机构的不同而有所差异。建议您咨询当地的机构或第三方认证机构，了解详细的办理流程和要求，以确保符合相关的标准和法规。